実例
Illustratorで以下の様なデータを作成したとします。
黄色のカラーは特色のオブジェクトです。
カラーは「DIC 205s*」、カラーモードは「スウォッチ」です。
これをカラーモードを「CMYK」にして、Mを100％にしてその他のカラーを0％にします。
また、カラータイプを「特色」にします。
そうするとIllustrator上で次のようなカラーになります。
このファイルをEPS保存します（Illustrator形式でも構いません）。
InDesignに先ほど保存したIllustratorのファイルを貼り込み、PDF書き出しをします。
ここでは「PDF/X-1a」準拠の書き出しをします。
できあがったPDFを開くとカラーが変更されています。（元のカラーで表示されています）
原因
InDesignがPDFを書き出す際に特色の名前を見て、特色本来のカラーに戻してしまうのが原因と思われます。
解決方法
これをカラーモードを「CMYK」にして、Mを100％にしてその他のカラーを0％にします。
また、カラータイプを「プロセスカラー」にします。
スウォッチのパネルではこのようになります。（右下の三角に黒丸がなくなります）
この状態のIllustratorファイルを使用してInDesignからPDFを書き出すと意図した結果になります。
特殊な解決方法
元のカラーに戻ることだけを防ぎたい場合（特色のままでよい場合）は、「DIC 205s*」などの特色名ではなく、ユニークな（独特な）名前にします。
ここでは「DIC 205s*あいうえお」としました。
PDFに書き出すと、意図したカラーのままになっています。
Acrobatの分版プレビューで見ても「DIC 205s*あいうえお」として特色が残っています。
