DTP駆け込み寺の掲示板で「PDF変換すると文字が消える」というトピックがあり、そのやりとりのなかで問題が解明されていたので、実際に試してみました。
状況はIllustrator CS3での小さな文字を含むデータをPDF変換すると文字が消えてしまうというものです。
早速、質問ですが「PDF書き出しプリセット」で
PDFを書き出すと文字の一部が消えました。
イラレで本体を作成して（文字もイラレ アウトラインはしてません）
インデザインに貼り込んで書き出しております。
バージョンは イラレCS3（13.0.3）
インデザインCS3（5.0.4） です。
フォントの大きさは1.33ptです。
PDF変換すると文字が消える - DTP駆け込み寺 掲示板
原因・実例
実際は長体で1.33ptの文字は変形が掛かっていたようで、最終的には以下の様に1pt以下の文字がPDF変換の際に消えてしまうということのようです。
縦でも横でも、1ptを下回れば消えますね。
TP駆け込み寺 掲示板
以下の様なデータを作成しました。
Illustrator CS3でフォントは小塚ゴシックを使用しています。
この文字をそれぞれ水平比率・垂直比率や効果のメニューの変形などでサイズを変更しています。
水平比率・垂直比率の設定は文字パネル（パレット）の以下の所です。
このファイルをPDF変換します。
最初から用意されているAdobe PDFプリセットの「PDF/X-1a:2001（日本）」を使用します。
できあがったPDFを開いて見ると、文字で縦横のサイズのいずれかが1ptを下回ると文字が消えて変換されてしまいました。
1pt以下の文字を使用するシーンはかなり限られてきますが、ご注意下さい。
なお、Illustrator CS2・CS4・CS5では再現しませんでした。Illustrator CS3だけの問題のようです。