DTP環境の場合に使用するリンク画像の保存形式は何が良いのですか?
Illustratorなどのバージョンにより異なりますが、Photoshop形式をお薦めします。

最近のIllustratorでは、透明効果を使用する場合が非常に多くなってきている(もしくは意識せずに透明効果を使用している)ので、そうした場合にはPhotoshop形式(以下PSD形式)(.psd)をお薦めします。
PSD形式であれば、合成の時に利用する「レイヤー」や、色調やコントラストを調整するための「調整レイヤー」や切り抜きをするための「レイヤーマスク」など、再編集するためのデータを残しておけるので、編集作業時に大変便利です。

InDesignにリンクする画像もPSD形式をお薦めします。InDesignにIllustratorのデータをリンクする場合はIllustrator EPS形式(.eps)ではなく、Illustrator形式(.ai)をお薦めします。
これはInDesignで透明効果を使用している場合に、リンクされているファイルがEPS形式のファイルだと、PDF形式として書き出す時に処理が正常にできないことがあるからです。

Illustrator 8まではEPS形式をお薦めします。Photoshop EPSではJPEGエンコーディングも対応しております。
JPEG形式(.jpg)は手軽ですが、お薦めしません。