Ｑ：EPSのJPEGエンコーディングは使用しても問題はないのでしょうか？
Ａ：問題はありません。
EPSのJPEGエンコーディングは画像を圧縮して保存する形式です。ファイルサイズが小さくなるのでMOやCD-Rなどにより多く入れることができ、また時間も短くコピーできますので、お勧めです。（※ものにもよりますが、ファイルのサイズが20％程度まで圧縮されます）
通信にて画像データを入稿される場合にも、StuffItやLha・ZIPなどで圧縮するよりも効果的にファイルサイズを圧縮することができます。（JPEGエンコーディングされた画像データは圧縮ソフトでさらに圧縮することはあまりできません）
ただし、JPEGエンコーディングの特性で何回も保存し直すと画像が劣化する場合がありますので注意が必要です。
また、JPEGエンコーディングは「.jpg」（JPEG形式）とは異なりますので注意してください。当社では画像の保存形式はできる限りEPS形式を推奨しておりま
す。
→「Photoshopのデータについて」
https://www.ddc.co.jp/dtp/archives/20050715/161716.html