Illustratorデータ入稿もしくは（Illustratorから作成した）PDF入稿のプロセスカラーの印刷をご発注の場合は、カラーをすべてプロセスカラーにしてからご入稿いただくようにお願いしております。
Illustratorではスポットカラー（特色）をプロセスカラーに変換する際にスウォッチパレットを利用する方法がありますが、この場合に、スウォッチパレットに使用しているスポットカラーと使用していないスポットカラーが一緒になっていると、どれを変換すべきなのかがわからなくなり変換する手間が多くなってしまいます。
あらかじめ未使用のスウォッチ項目を削除した後でスポットカラーの変換を行った方が効率がよいかと思います。お試しください。
▼Illustratorの未使用のスウォッチデータをまとめて消去する
http://www.ddc.co.jp/yoshida/dtp/illustrator/html/2045.html