お客様より「Illustratorから直接PDF書き出し（「ファイル」→「別名で保存」→「Adobe PDF」）をしたら貼り込んである画像の透明部分が白くなってしまいました。なぜでしょうか。」というご質問を頂きました。
この問題はPDF保存する際のオプションの問題です。書き出す際のダウンサンプルの設定が透明部分に影響して発生するエラーのようです。詳しくは以下のページをご覧下さい。
▼IllustratorからPDF保存をすると透明が無効になる
http://www.ddc.co.jp/yoshida/pdf/html/1033.html