MacOS Xは使ってみるとMacOS8や9に比べれば非常にトラブルが少なく、再起動もあまりしなくても良いOSだと思います。しかし、MacOS Xならではの問題も数多く出ているようです。
よくAdobeユーザーフォーラムやAppleディスカッションボードで出てくるのが、「アクセス権の異常」です。
ソフトウェアをインストールしても動かない、ソフトウェアをアップデートしたら起動しなくなった、ある日突然保存ができなくなった、設定が保存されないなどの問題が起きているようです。
アクセス権はUnixなどでは非常に重要な概念で、フォルダやファイルをどんなユーザーが操作できるかを決定しています。このアクセス権があることでユーザーは不用意にシステムのファイルを消してしまうことがありませんし、（設定によっては）他人のファイルも誤って消してしまうことがなくなります。
ただ、ソフトウェアをアップデートしただけでフォルダのアクセス権が異常になってしまい仕事にならなくなってしまうのでは何のためのアップデートなのか訳がわからなくなってしまいます。
この問題を解決してくれるのが「ディスクユーティリティ」というソフトウェアです。（「アプリケーション」→「ユーティリティ」）
操作は簡単です。起動したら「FirstAid」に切り替えて「ディスクのアクセス権を修復」ボタンを押すだけです。先述のAdobeユーザーフォーラムやAppleディスカッションボードの内容を見ていると、MacOS X用の市販のメンテナンスソフトウェアを使用せずにこれだけで直る場合もかなりあるようなので、アップデートなどで挙動不審になったら「ディスクのアクセス権を修復」をぜひ試してみてください。
【参考ページ】
▼ Mac OS Xのメンテナンス - ［Mac OSの使い方］All About
｜http://allabout.co.jp/computer/macos/closeup/CU20021018osm/index.htm
▼ Macの調子が悪くなったら… - ［Mac OSの使い方］All About
｜http://allabout.co.jp/computer/macos/closeup/CU20060212A/index.htm