Photoshop CS3（Photoshop 10.0.0）を使用してEPS画像を作成することは多いと思いますが、その際の注意点です。
Adobeサポートデータベースによると、Photoshop CS3のEPS形式保存の際に、JPEGエンコーディングを使用すると、C100%がC99%として保存されるみたいです。
原因は調査中とのことですが、Photoshop7.0.1へのアップデートでも同じような問題が修正されていたので、JPEG保存のアルゴリズムの単純な問題かもしれませんね。Adobeからの修正を待ちましょう。
Photoshop CS3のJPEGエンコーディングの対策が出るまでは「ASCII」「バイナリ」「ASCII85」などのエンコーディングを使用して保存されることをお薦めいたします。
▼ ［232243］Photoshop EPS 形式で保存すると CMYK カラー値が正しく維持され
｜ ない（Photoshop CS3）
｜ http://support.adobe.co.jp/faq/faq/qadoc.sv?232243+002+3
『
・JPEG形式で保存されたCMYKファイルの白色の領域がずれなくなります。
』