以前のデータを利用して新しいデータを作成することは良くあるかと思います。
そういった古いデータを開いたときにInDesignなどでリンクしてあるEPSファイルのクリッピングパスが正しく表示されないということはありませんか？ これはMac OS X 10.4以降で発生している問題のようです。
原因はEPSのプレビューが「Macintosh」のプレビュー（いわゆるPICTプレビュー）になっていると、正しく表示できずに切り抜きが表示されなくなってしまうようです。
（実データの部分の切り抜きはPSプリンターに出力すれば正常に出力されます）
解決方法の一例としては、EPSファイルのEPSプレビューを「TIFF」にすることが考えられます。
切り抜きの表示がおかしい場合はEPSプレビューの形式がどうなっているかを確認してみてくださいね。
実際の例などは以下のページをご覧下さい。